人工濕地中微生物的活動是濕地凈化污水的最主要因素。微生物在濕地養(yǎng)分的生物地球化學循環(huán)過程中往往起核心作用，它們是各類污水中最先出現(xiàn)并對污染物起吸收與降解作用的生物群體，而且還能捕獲溶解的成分給它們的動物或植物共生體利用。微生物的生物量可作為一個濕地生態(tài)系統(tǒng)中土壤物理化學特征，養(yǎng)分含量變化以及有機質(zhì)積累與分解的一個有效反映指標?，F(xiàn)有研究已經(jīng)發(fā)現(xiàn)在BOD5、COD以及氮等降解的過程中微生物都發(fā)揮了重要作用。對于有些難降解的有機物和有毒物須運用微生物誘導變異特性，培育馴化適宜吸收和消化這些物質(zhì)的優(yōu)勢種，進行降解。